Братский государственный университет (БрГУ) является одним из ведущих научных центров Иркутской области. Его ученые проводят исследования проблем как фундаментального характера в области физики, геофизики, математики, экологии и гуманитарных наук, так и фундаментального и прикладного характера для решения технических и экономических проблем в интересах России, региона, города.
Научные исследования проводятся в соответствии с профилем подготовки в университете молодых специалистов по 8 отраслям науки в рамках 9 основных научных направлений. Вся тематика соответствует "Приоритетным направлениям развития науки, технологий и техники" и “Перечню критических технологий Российской Федерации”, утвержденным Президентом РФ. Сформировавшиеся на базе совместных исследований научно-педагогические коллективы известны не только в Сибирском Федеральном округе. Они поддерживают контакты с российскими и международными исследовательскими организациями, академиями наук, активно участвуют в конференциях, выставках и ярмарках различно уровня, в том числе международных. Научные школы БрГУ зарегистрированы в базе данных ведущих научно-педагогических коллективов Минобрнауки России (Рособразования). В рамках организации научно-инновационной деятельности функционируют учебно-научно-производственные центры, на базе которых созданы малые инновационные предприятия.
Выполняются госбюджетные фундаментальные исследования по заданию Рособразования в рамках аналитической ведомственной целевой программы “Развитие научного потенциала высшей школы”. Ведутся фундаментальные и прикладные исследования и разработки по российским и международным грантам, договорам (контрактам) с хозяйствующими субъектами как в инновационных подразделениях Управления научно–инновационной деятельностью, так и на кафедрах университета. Исследования по гранту международного проекта BRIDGE выполняются совместно с университетом города Хаддерсфилда (Великобритания) под эгидой Министерства высшего образования Великобритании и Британского Совета. По объему выполненных исследований и разработок БрГУ находится в средней части выборки российских университетов.
Инновационные проекты регулярно представляются на выставках и презентациях различного уровня, в том числе и за рубежом (Великобритания, Германия, КНР, Монголия, Финляндия, Швейцария). Издается ежегодный сборник "Инновационный потенциал Братского государственного университета", а для повышения эффективности международной деятельности – сборник "Инновационные разработки Братского государственного университета (Innovatory Developments of Bratsk State University)".
За последние 5 лет опубликовано 73 монографии, около 6 тыс. статей и тезисов докладов различных конференций, семинаров и симпозиумов; издано 111 сборников научных трудов. Сотрудники БрГУ принимали участие в 304 конференциях, в том числе 137 международных, на базе университета проведено 92 конференций различного уровня, включая 23 международных и всероссийских. Подано 152 заявки на изобретение, получено 172 патента, в том числе 79 поддерживается, зарегистрировано 55 программ для ЭВМ. Экспонаты БрГУ были представлены на 137 выставках, в том числе 56 международных.
Научно-технические конференции БрГУ являются аккредитованными мероприятиями всероссийского конкурса отбора талантливой молодежи по программе поддержки научно-технических инноваций «Участник молодежного научно-инновационного конкурса («УМНИК»).
В 2004–2008 годах по результатам научно-инновационной деятельности БрГУ получил 2 золотых, 2 серебряных и 4 бронзовых медали зарубежных выставок, 4 международных приза и 10 дипломов, гран-при, 13 медалей и 24 диплома международных выставок и конкурсов на территории России, диплом ВВЦ, премию Правительства РФ в области образования, 4 почетных диплома всероссийских конкурсов. Только в 2008 году вузом получено 97 дипломов и медалей международных и российских конкурсов и выставок.
Инновационная деятельность рассматривается как одна из главных составляющих процесса обеспечения опережающей подготовки специалистов по приоритетным направлениям науки и техники. Осуществляется формирование непрерывной системы подготовки кадров для инновационной экономики. Только в 2008 году университет на базе своей инновационной инфраструктуры организовал подготовку почти 600 специалистов.
Научная деятельность является непременной составной частью образовательного процесса. В рамках системы качества университета действует система внедрения результатов научных исследований в учебный процесс, что предусматривает систематическое выявление результатов, совершенствующих процесс подготовки специалистов, апробирование в изучаемых дисциплинах, контроль и анализ использования профессорско-преподавательским составом результатов НИР в лекционном материале, практических и лабораторных работах, курсовом и дипломном проектировании, оформление соответствующих актов.
Научно–исследовательской работой занимаются 80% студентов очного обучения. В 2008 году ими было опубликовано более 600 научных работ, около 380 докладов, получено 49 патентов и 82 награды за научные достижения. По результатам рейтинговой оценки Совета ректоров государственных ВУЗов Иркутской области Братский государственный университет в 2004 г. занял I-е место за уровень организации научно-исследовательской деятельности студентов среди вузов Иркутской области, а с 2005 года по разным показателям входит в тройку призеров.

При государственном образовательном учреждении высшего профессионального образования ФГБОУ ВПО «БрГУ» действуют три диссертационных совета по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора наук и кандидата наук:

1. Д 212.018.01 - по научным специальностям
05.13.01 – системный анализ, управление и обработка информации (информатика, вычислительные машины и автоматизация, энергетика) (технические науки)
05.13.18– математическое моделирование, численные методы и комплексы программ (технические науки)

2. Д 212.018.02 - по научным специальностям
05.02.02 – машиноведение, системы приводов и детали машин (технические науки)
05.02.13 – машины, агрегаты и процессы (машиностроение) (технические науки)

3. ДМ 212.018.03 - по научным специальностям
03.00.16 – экология (сельскохозяйственные науки)
05.21.01 – технология и машины лесозаготовок и лесного хозяйства (технические науки)